孟德爾遺傳病是新生兒出生缺陷的重要原因之一.對于,這些疾病的診斷通?；趦和牟“Y、表型特點進行臨床判斷,同時通過細胞、分子檢測手段確認染色體水平的結(jié)構(gòu)變異或基因水平的突變進行病因確認.傳統(tǒng)的細胞或分子診斷方法包括核型分析、芯片分析、目標基因的一代Sanger測序等,而隨著二代測序的發(fā)展,高通量測序在疾病病因?qū)ふ抑兄鸩斤@示出巨大的潛力.

    二代測序方法中全基因組測序、外顯組測序和定向基因測序是最為常用的方法,各種方法各有其優(yōu)勢.全基因組測序覆蓋了最廣泛的區(qū)域,可以檢測非編碼區(qū)的突變,但測序量要求大,費用高,測序平均深度低,發(fā)現(xiàn)的突變的置信度可能下降.疾病相關(guān)基因的定向測序所需的測序量最少,獲得的測序深度最大,但不適合用于罕見的、或者相關(guān)疾病基因研究不成熟的遺傳病.而外顯子組測序相比全基因組測序降低測序量,提高測序深度,使得突變的發(fā)現(xiàn)更加可靠,而針對所有編碼區(qū)域、部分表達調(diào)控、microRNA測序等全面的檢測,相比定向基因測序更加全面,因而在目前來看在疾病病因診斷中的應(yīng)用更廣.

    最近在新英格蘭發(fā)表的一篇文章1中利用NimbleGen SeqCap VCRome外顯子組捕獲對250個先天性發(fā)育異常的兒童進行外顯子組測序,以確定其患病的遺傳機制,在25%的病人中發(fā)現(xiàn)82個高可疑的致病性突變.其中,33個病人為常染色體顯性遺傳,16個病人為常染色體隱特性遺傳,9個病人為X染色體遺傳疾.另外的4個病人被診斷出同時攜帶兩種不同疾病的致病基因突變,提示通過家族病史、身體檢查的診斷結(jié)果可能存在錯誤.該文獻詳細介紹了實驗方法、分析篩選和出具報告的過程,可供參考.

    作者認為相比核型分型、芯片、一代Sanger測序來說這種外顯子捕獲測序方法的遺傳性病因檢出率更高,更接近正確的診斷結(jié)果,而從時間和成本上來說又比其它檢測要低.有些結(jié)果雖然還需要后期實驗跟蹤驗證,但是仍然不影響這種方法成為臨床使用的診斷方案.

    在今年早些時間發(fā)表的另一篇文獻2中,使用了同一個NimbleGen SeqCap VCRome外顯子組捕獲試劑進行遺傳病的突變檢測.此文中,作者對于進行性神經(jīng)性腓骨肌萎縮癥(Charcot-Marie-Tooth neuropathy)家族的病人同時進行了全基因組及全外顯子組測序,外顯子組測序確認了SH3TC2 基因在該疾病的致病性作用,并表明目前的疾病突變數(shù)據(jù)庫可能存在錯誤,而個體的基因組結(jié)構(gòu)改變可能影響基因變異的最終功能.文章比較了全基因組及全外顯子組測序發(fā)現(xiàn)的基因變異的差異,指出外顯子組測序通過提高測序深度,可以解析全基因組測序發(fā)現(xiàn)的一些模棱兩可的結(jié)果,發(fā)現(xiàn)更多有臨床意義的突變.