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研究獲取CLL相關(guān)基因和突變的功能圖譜

2014-03-03 10:57 閱讀:2202 來源:生物通 作者:孫福慶 責(zé)任編輯:云霄飄逸
[導(dǎo)讀] 這一項目是西班牙慢性淋巴細(xì)胞白血病基因組聯(lián)盟的最新成果,該聯(lián)盟曾鑒定了涉及慢性淋巴細(xì)胞白血病發(fā)展的主要突變,但當(dāng)時他們還不清楚這些突變的功能。

    巴塞羅那基因組調(diào)控中心Dr. Roderic Guigó領(lǐng)導(dǎo)研究團(tuán)隊,對慢性淋巴細(xì)胞白血病進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析,獲得了慢性淋巴細(xì)胞白血病相關(guān)基因和突變的功能圖譜。這項工作發(fā)表在Genome Research雜志上。

    這一項目是西班牙慢性淋巴細(xì)胞白血病基因組聯(lián)盟的最新成果,該聯(lián)盟曾鑒定了涉及慢性淋巴細(xì)胞白血病發(fā)展的主要突變,但當(dāng)時他們還不清楚這些突變的功能。

    白血病是一種造血系統(tǒng)的惡性腫瘤,俗稱“血癌”,是最常見的惡性腫瘤之一。白血病按細(xì)胞分化程度可分為急性和慢性兩大類。根據(jù)受累的細(xì)胞類型,又可以分為粒細(xì)胞、單核細(xì)胞、淋巴細(xì)胞白血病等。其中慢性粒細(xì)胞性白血?。–ML)占13%,急性粒細(xì)胞性白血?。ˋML)占28%,慢性淋巴細(xì)胞白血病(慢性淋巴細(xì)胞白血?。┱?0%,急性淋巴細(xì)胞白血?。毙粤馨图?xì)胞白血?。┱?3%,其他不典型的占17%.

    慢性淋巴細(xì)胞白血病慢性淋巴細(xì)胞白血病起病緩慢,在這種疾病中一些免疫功能不全的淋巴細(xì)胞發(fā)生了惡性的增生。慢性淋巴細(xì)胞白血病在歐美白種人中比較常見,患者的發(fā)病年齡大多在50歲以上,30歲以下的患者很少見。這種疾病的主要表現(xiàn)是全身淋巴結(jié)腫大,脾大,貧血及外周血中淋巴細(xì)胞異常增多。

    慢性淋巴細(xì)胞白血病的臨床和生物學(xué)表現(xiàn)差異很大。全基因組測序或全外顯子組測序可以為人們揭示慢性淋巴細(xì)胞白血病中的主要突變,而RNA測序能為人們展示慢性淋巴細(xì)胞白血病的轉(zhuǎn)錄譜。在這項研究中,研究人員對98名患者的白血病細(xì)胞和健康B淋巴細(xì)胞,進(jìn)行了深度RNA測序。

    他們發(fā)現(xiàn)在慢性淋巴細(xì)胞白血病和正常B細(xì)胞之間,有數(shù)千個轉(zhuǎn)錄元件發(fā)生了差異性的表達(dá),其中包括蛋白編碼基因、非編碼RNA和假基因。轉(zhuǎn)座元件在慢性淋巴細(xì)胞白血病中全面擺脫了細(xì)胞對它們的束縛。此外,有兩千個基因表現(xiàn)出慢性淋巴細(xì)胞白血病特異性的剪切模式。研究顯示,慢性淋巴細(xì)胞白血病中涉及代謝通路的基因得到了更高水平的表達(dá),而剪切體、蛋白酶體和核糖體相關(guān)基因被明顯下調(diào)。

    在此基礎(chǔ)上研究人員將慢性淋巴細(xì)胞白血病患者分為兩個亞類,一組在較長時間之內(nèi)不需要治療,而另一組則需要迅速進(jìn)行治療。進(jìn)一步分析顯示,這兩組患者之間的差異,來自于淋巴結(jié)微環(huán)境中的B細(xì)胞受體激活。

    “我們在對基因組進(jìn)行功能性分析的基礎(chǔ)上,區(qū)分了兩個不同的慢性淋巴細(xì)胞白血病患者群體。在這兩組患者之間慢性淋巴細(xì)胞白血病的侵襲性差異很大。理解這種差異背后的分子機(jī)制,可以幫助人們?yōu)槁粤馨图?xì)胞白血病患者提供更個性化的治療,”Dr. Guigó說。

 


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