用更廣闊的全腫瘤（cross-tumour）理念對各種腫瘤進(jìn)行分類不僅能夠?yàn)槲覀?提供一個(gè)嶄新的生物學(xué)研究視野，同時(shí)也能夠給臨床工作提供更多更有價(jià)值的相關(guān)信息。Kandoth課題組就用實(shí)際的工作向我們證實(shí)了這種泛腫瘤（pan- cancer）研究方法的威力和價(jià)值，其實(shí)他們關(guān)注的重點(diǎn)非常簡單，就是基因編碼區(qū)序列里的單堿基替換突變，以及短片段的缺失或插入突變這些已經(jīng)被眾多的 科研人員研究過千萬遍的常見突變。他們選擇了12種不同類型的腫瘤作為研究對象，一共采集了3281個(gè)腫瘤樣本并進(jìn)行了聯(lián)合分析，通過對這些腫瘤標(biāo)本中他 們所關(guān)注的突變的出現(xiàn)幾率（recurrence rates）進(jìn)行非常“苛刻的”統(tǒng)計(jì)學(xué)分析之后發(fā)現(xiàn)了127個(gè)突變基因在腫瘤的發(fā)病過程中起到了非常重要的作用。雖然在他們得出的這份腫瘤突變名單中有很 多突變基因之前就已經(jīng)被人報(bào)道過，但是Kandoth等人卻是用腫瘤全視野的角度發(fā)現(xiàn)這些突變基因的第一人。

    Kandoth等人隨后也利用腫瘤基因組計(jì)劃（Cancer Genome Atlas, TCGA）收集的臨床數(shù)據(jù)（比如患者腫瘤復(fù)發(fā)的時(shí)間或死亡的時(shí)間）對這127個(gè)突變基因在疾病預(yù)后預(yù)測方面的價(jià)值進(jìn)行了評估。雖然進(jìn)行這種大視野研究存在 種種困難，比如各個(gè)標(biāo)本的臨床特征就非常復(fù)雜，在患病年齡、治療情況、腫瘤的轉(zhuǎn)移能力等方面都有很大的差異，但是由于采集的標(biāo)本量足夠大，所以也足以發(fā)現(xiàn) 有價(jià)值的信息。比如BAP1、DNMT3A、KDM5C、FBXW7以及TP53這幾個(gè)基因如果發(fā)生突變，患者的預(yù)后就會比較差。而BRCA2和IDH1 這兩個(gè)基因如果發(fā)生突變則往往預(yù)示著預(yù)后會比較好。

    不過在此也有必要提醒一下，這種多腫瘤分析的方式也有其弊端，比如就會漏掉與某種特定腫瘤高度相關(guān)的突變，例如與膀胱癌高度相關(guān)的KDM6A和 ARID1A基因，所以我們應(yīng)該兩手都要硬，將單一腫瘤分析與多種腫瘤分析的方式緊密地結(jié)合起來?？墒侨绻覀冇么髽颖救巳簩ι鲜龆嗄[瘤研究工作所發(fā)現(xiàn)的 相關(guān)突變基因的預(yù)后判斷價(jià)值進(jìn)行驗(yàn)證之后，就能夠以這些突變基因?yàn)榉肿訕?biāo)志物，提早發(fā)現(xiàn)腫瘤可能轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)的高危人群，對他們給予相應(yīng)的治療和關(guān)注，改善 他們的預(yù)后。在通過多基因表達(dá)譜分析所發(fā)現(xiàn)的早期乳腺癌患者人群中已經(jīng)開始使用這種預(yù)后干預(yù)策略了。將來我們還可以對這些標(biāo)志物與抗癌藥物治療反應(yīng)性等指 標(biāo)的關(guān)系進(jìn)行研究，不過這也需要更進(jìn)一步的整合臨床試驗(yàn)和各個(gè)腫瘤中心的基因組數(shù)據(jù)資源，因而也需要建立一套更利于各個(gè)不同研究機(jī)構(gòu)之間進(jìn)行數(shù)據(jù)共享的機(jī) 制。

    泛腫瘤分析方法簡介。腫瘤基因組研究項(xiàng)目組收集了患有12種主要腫瘤的上萬名患者的資料，通過對腫瘤變異情況和臨床數(shù)據(jù)的比較和分析，獲得了一系列非常有價(jià)值的發(fā)現(xiàn)。

    另外這種全腫瘤研究工作對藥物開發(fā)工作的幫助有多大呢？有一種策略就是對其中所有的藥物作用靶標(biāo)進(jìn)行一次篩選，縮小范圍以便提高藥物開發(fā)工作的針對性。不 過這并不是全腫瘤研究工作的最大價(jià)值，通過全腫瘤研究工作可以更進(jìn)一步明確各基因或信號通路之間的功能聯(lián)系，這才是最重要的意義。因?yàn)檎莆樟诉@些信息，如 果再碰到某個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)不太適合當(dāng)做藥物作用靶點(diǎn)的時(shí)候，我們就可以繞過它，只需要選擇該蛋白所在信號通路上的其它分子作為靶點(diǎn)，也能夠起到同樣的 治療效果。最近有好幾個(gè)腫瘤基因組研究項(xiàng)目所發(fā)現(xiàn)的腫瘤相關(guān)信號通路（比如RNA剪接通路、轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路以及代謝作用通路等等）全都在這個(gè)泛腫瘤研究工作 中得到了驗(yàn)證，所以這些通路全都可以當(dāng)做抗癌藥物開發(fā)工作人員們的重點(diǎn)關(guān)注對象。

    如果被我們納入到泛腫瘤研究項(xiàng)目當(dāng)中的腫瘤種類進(jìn)一步增加，所關(guān)注的突變類型更進(jìn)一步豐富（比如也關(guān)注非編碼區(qū)里的突變），對基因組的注釋也更加完全，那 么在今后開展的泛腫瘤研究工作當(dāng)中一定會有更加重要的發(fā)現(xiàn)。所有這些腫瘤的共同之處（所發(fā)現(xiàn)的突變）能夠幫助科研人員開展更好的實(shí)驗(yàn)室研究，為藥物開發(fā)人 員提供更多更有價(jià)值的作用靶點(diǎn)，也有助于臨床醫(yī)生們選擇更好的治療方案，所以它們一定會造福全世界的癌癥患者。