近日,國際著名學術(shù)期刊《人類分子遺傳學》在線發(fā)表了中科院上海生命科學研究院計算生物學所徐書華和金力研究組的研究成果。該研究系統(tǒng)分析了人類疾病相關(guān)基因的特征,并與其他各類基因進行了全面比較。這對認識人類疾病基因的特性,了解致病遺傳變異的產(chǎn)生、基因組分布、自然選擇和進化機制,以及理解疾病基因表達和調(diào)控網(wǎng)絡模式有重要理論意義,對研究復雜疾病的實驗設(shè)計也具參考價值。
傳統(tǒng)上,遺傳類疾病可分為罕見的孟德爾遺傳病和較常見的復雜疾病。孟德爾遺傳病往往由單基因控制,在人群中的發(fā)病率很低,表現(xiàn)出很強的家族聚集性,如鐮刀性貧血、白化病、色盲等,其單基因變異效應較強。復雜疾病往往受多個基因控制,在人群中發(fā)病率高,如癌癥、高血壓、糖尿病等,其遺傳模式復雜,每個基因變異的效應很弱。
然而,此次研究人員通過對最新的遺傳類疾病基因數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn),孟德爾遺傳病基因和復雜疾病基因并不像通常的分類那樣界限分明。相反,兩類疾病基因存在大量的重疊,即與兩類疾病共同關(guān)聯(lián)的基因(雙聯(lián)基因),而且比基于統(tǒng)計學隨機假設(shè)的預期數(shù)目多出8倍。研究人員對已知的人類基因進行了分類,包括雙聯(lián)基因、必需基因、單基因疾病基因、復雜疾病基因和其他基因。
研究者發(fā)現(xiàn),雙聯(lián)基因和復雜疾病基因都受到了近期的正向自然選擇,而必需基因和單基因疾病基因受到較強的負向選擇。對物種間差異數(shù)據(jù)分析表明,必需基因總是最保守,這支持必需基因在漫長的進化史中總是受到最強的負向選擇;而雙聯(lián)基因在保守性上排在第二位,提示其在進化中也受到較強的負向選擇。
同時,該研究比較了各類基因在基因表達模式、基因結(jié)構(gòu)等方面的差異。研究人員推測,雙聯(lián)基因的很多特征和它們在復雜疾病和單基因疾病中的雙重作用相關(guān)。
這是首個對雙聯(lián)基因特征進行系統(tǒng)分析的研究,結(jié)果同時也對其他四類基因的特征有新的認識。比如該研究發(fā)現(xiàn),很多復雜疾病基因落在拷貝數(shù)變異區(qū)域,表明拷貝數(shù)變異可能在多種復雜疾病的遺傳因素中起重要作用。
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