Barrett食管的病因至今尚不完全清楚。盡管有關Barrett食管與胃食管反流之間的關系已被大多數(shù)學者接受，但Barrett食管確切的發(fā)病機制仍不清楚。之所以這樣說是因為在胃食管反流病人中，只有10%發(fā)展為Barrett食管，而90%的患者并不發(fā)生變化。長期以來一直存在著兩種學說，即先天性學說和獲得性學說。

    1.先天性學說

    先天性學說認為Barrett食管是由于人體胚胎發(fā)育過程中柱狀上皮沒有被鱗狀上皮完全替代所致，因此食管下段遺留下胚胎時期的柱狀上皮。一些臨床觀察也支持先天性學說。

    2.獲得性學說

    有研究認為Barrett食管是一種獲得性疾病，它與胃食管反流性疾病有密切關系。食管下段長期暴露于酸性溶液、胃酶和膽汁中，造成食管黏膜的炎癥和破壞，導致耐酸的柱狀上皮替代鱗狀上皮。研究證實，大多數(shù)Barrett食管病人存在反流性食管炎。

    關于Barrett食管柱狀上皮的來源尚未定論。目前有幾種看法：①來源于鱗狀上皮的基底細胞；②來源于食管賁門腺體細胞；③來源于胃黏膜或原始干細胞。