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Nature子刊:測序循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外顯子組

2014-05-06 19:27 閱讀:1511 來源:生物通 責(zé)任編輯:潘樂樂
[導(dǎo)讀] 科學(xué)家們首次對循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)進行了單細(xì)胞外顯子組測序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉(zhuǎn)移和應(yīng)答藥物的具體過程。

    科學(xué)家們首次對循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)進行了單細(xì)胞外顯子組測序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉(zhuǎn)移和應(yīng)答藥物的具體過程。

    前列腺腫瘤很容易轉(zhuǎn)移到骨組織,而這樣的轉(zhuǎn)移很難用傳統(tǒng)方法進行檢測。這個問題大大影響了醫(yī)生們對癌癥的監(jiān)控和治療?,F(xiàn)在一項新研究指出,只需要簡單抽血就可以解決這個問題,監(jiān)控腫瘤的演化和轉(zhuǎn)移。

    Broad研究所的科學(xué)家們在Nature Biotechnology雜志上發(fā)表文章,描述了一個模塊化的新技術(shù)平臺。該平臺可以收集前列腺癌患者血液中的循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC),并對其進行外顯子組測序和分析。這一技術(shù)可以揭示高度可信的單核苷酸突變,幫助人們追蹤腫瘤的演化、引導(dǎo)對腫瘤的治療、監(jiān)控腫瘤的復(fù)發(fā),

    上述一平臺由幾個部分組成,首先研究人員使用Illumina的MagSweeper技術(shù),從患者血液中富集EpCAM陽性的細(xì)胞,EpCAM是促進腫瘤形成的蛋白。然后,研究人員通過自己開發(fā)的方法,將這些細(xì)胞一一分配到小孔中,并通過成像技術(shù)檢測特定標(biāo)記的表達。最后他們收集符合要求的細(xì)胞,進行細(xì)胞裂解,全基因組擴增和文庫制備。

    研究人員先對文庫進行低覆蓋度測序,以評估基因組的質(zhì)量。然后他們再對符合要求的進行高覆蓋度的外顯子組測序。由于之前還沒有完成過單個CTC的外顯子組測序,研究團隊采用了“census”方案來檢出序列突變。如果在同一個體的三個CTC文庫中都出現(xiàn)了特定突變,這一突變就被認(rèn)為是真實可信的。

    “將許多細(xì)胞結(jié)合起來,就可以獲得精確的目標(biāo)序列(超過99.995%),”Boehm說。

    研究團隊通過上述方案,研究了患者CTC與原發(fā)瘤和轉(zhuǎn)移瘤之間的關(guān)聯(lián)。研究顯示,在CTC中鑒定到的73個變異中,有51個也出現(xiàn)在原發(fā)瘤或轉(zhuǎn)移瘤。

    這樣的數(shù)據(jù)可以為人們展示腫瘤的演化、CTC的來源、以及藥物治療的效果,Love說。通過驗血監(jiān)控CTC基因組,可以揭示抗性指標(biāo)的出現(xiàn),以及腫瘤復(fù)發(fā)的風(fēng)險。人們也可能在監(jiān)控時發(fā)現(xiàn)可以用藥物控制的突變,為醫(yī)生們提供新的治療途徑。

    據(jù)Boehm介紹,這種平臺的模塊化設(shè)計意味著,理論上只需要簡單改變某個模塊就可以將其應(yīng)用于任何類型的腫瘤。舉例來說,可以根據(jù)不同的指標(biāo)修改富集策略。“模塊化和靈活性使這一平臺有著廣闊的應(yīng)用前景。”

    麻省總醫(yī)院的Daniel Haber強調(diào),通過血樣對治療效果、腫瘤復(fù)發(fā)和抗性進行監(jiān)控,能夠為多種癌癥的提供幫助。此外“將這項研究中的技術(shù)應(yīng)用到EpCAM陰性CTC,將是很有意思的嘗試”他說。


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